Jean-François Kahn est le fils du philosophe Jean Kahn-Dessertenne (1916-1970). Il est le frère du chimiste Olivier Kahn (1942-1999) et du généticien Axel Kahn (né en 1944). Il a trois enfants dont deux avec sa première épouse, et un avec Rachel Kahn.

Ses parents viennent de Mussy-sur-Seine, dans le sud de l’Aube1. Son grand-père paternel, d’origine juive alsacienne, y possédait une maison de campagne et y rencontra son épouse qui habitait une maison voisine. Son grand-père maternel y était un petit industriel dans le bois et épousa une institutrice, d’origine suisse allemande, en poste dans l’école du village1. Un de ses arrière-grands-pères était un peintre qui illustra l’encyclopédie Larousse. Sous l’Occupation, Jean-François Kahn portera le « nom de jeune fille » de sa mère, Ferriot, et ne reprendra son nom de Kahn qu’à la fin des années 19501,2.

Il obtient sa licence d’histoire, adhère au Parti communiste (pendant 2 ans)1, travaillant dans un tri postal, puis dans une imprimerie, et se tourne ensuite vers le journalisme : il débute ainsi dans le journal Paris Presse l’Intransigeant en 19591, où il est envoyé couvrir la guerre d’Algérie, Le Monde, puis L’Express (en 1964, comme reporter). C’est lui qui mène l’enquête journalistique qui aboutit à la révélation de l’affaire Ben Barka (avec Jacques Derogy), en respectant le principe de protection des sources d’information des journalistes. Il est ensuite chroniqueur sur Europe 1, puis est nommé directeur de la rédaction des Nouvelles littéraires (en 1977 et qu’il contribue à redresser). Dans les années 1970 et 1980, il est souvent un des interviewers lors d’émissions politiques télévisées comme L’Heure de vérité. Amateur et connaisseur de la chanson française, il anime dans les années 1970 l’émission Avec tambour et trompette sur France Inter, et, dans les années 1980, l’émission Chantez-le moi.

En 1984, il crée L’Événement du jeudi puis, en 1997, l’hebdomadaire d’information Marianne dont il est le directeur jusqu’en 2007 et dans lequel il continue à tenir jusqu’en 2011 une chronique intitulée « bloc-notes ». Il collabore hebdomadairement à l’émission radiophonique Pourquoi pas dimanche ? animée par Joël Le Bigot sur les ondes de la Première chaîne de Radio-Canada où il vulgarise et commente l’actualité politique française et européenne.

Il signe certaines de ses interventions sous les pseudonymes de François Darras, Thomas Vallières, ou encore P.M.O.

En mai 2011, après des propos polémiques autour de l’affaire Dominique Strauss-Kahn — il avait utilisé l’expression de « troussage de domestique » —, expression qu’il qualifie par la suite d’« inacceptable »3, il annonce son intention de quitter le journalisme4. Ces propos ont été condamnés par de nombreuses personnalités françaises5.